También es posible definir múltiples proyectos. Lo siguiente es un ejemplo de tres proyectos: un sitio web genérico, un área de proyectos y un planificador diario (la parte del planificador requiere Planner, véase http://wjsullivan.net/PlannerMode.html para obtenerlo).
(setq muse-project-alist
'(("Sitio-web" ("~/Páginas" :default "index")
(:base "html" :path "~/public_html"))
(("Proyectos" ("~/Proyectos" :default "index")
(:base "xhtml"
:path "~/public_html/proyectos"
:exclude "/TopSecret")
(:base "pdf"
:path "~/public_html/proyectos/pdf"
:exclude "/TopSecret")))
("Plans" ("~/Planes"
:default "BolsaTareas"
:major-mode planner-mode
:visit-link planner-visit-link)
(:base "planner-xhtml"
:path "~/public_html/planes"))))
El atributo :major-mode especifica qué modo mayor hay que usar cuando se visiten los ficheros de este directorio.
El atributo :visit-link especifica la función que hay que llamar cuando se visite enlaces.
El atributo :exclude tiene una expresión regular que concordará con los ficheros que no han de publicarse nunca.