Un documento Muse usa reglas de marcado especiales y contextuales para determinar cómo formatear la salida del resultado. Por ejemplo, si un párrafo está sangrado, Muse asume que debe ser entrecomillado.
No hay demasiadas reglas de marcado, y todas ellas procuran ser tan simples como sea posible tal que uno se pueda centrar en la creación del documento, en lugar de en el formateado.